La certificazione del credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo (R&S) può produrre effetti vincolanti anche se si perfeziona dopo la notifica dello schema di atto, a condizione che la procedura sia stata avviata prima e che non sia stato notificato un processo verbale di constatazione (PVC).

Il chiarimento è arrivato dall’Agenzia delle Entrate nel corso di Telefisco 2026 e interessa molte imprese che hanno già utilizzato in compensazione il credito R&S e sono oggi oggetto di controlli.

Il nodo: certificazione e controlli fiscali

Il tema riguarda il coordinamento tra:

• la disciplina della certificazione del credito R&S, introdotta dall’art. 23 del DL n. 73/2022;

• il contraddittorio preventivo previsto dall’art. 6-bis della legge n. 212/2000 (Statuto del contribuente).

La normativa consente alle imprese di richiedere una certificazione tecnica sulla corretta qualificazione degli investimenti in ricerca e sviluppo. Questa certificazione, una volta perfezionata, ha effetti vincolanti per l’Amministrazione finanziaria, limitatamente alla qualificazione delle attività agevolate.

Ma cosa accade se nel frattempo l’Agenzia avvia un controllo?

Quando si può accedere alla certificazione

La legge stabilisce che l’accesso alla certificazione è possibile solo in assenza di:

• violazioni già constatate con processo verbale di constatazione (PVC);

• violazioni già contestate tramite atto impositivo.

In altre parole, se è già stato notificato un PVC o un vero e proprio atto di accertamento, non è più possibile attivare la procedura di certificazione.

Diverso è il caso dello schema di atto nell’ambito del contraddittorio preventivo: questo passaggio, di per sé, non equivale ancora a un atto impositivo definitivo.

Il chiarimento dell’Agenzia delle Entrate

Durante Telefisco 2026 è stato chiesto all’Agenzia se la certificazione:

• avviata prima della notifica dello schema di atto,

• e perfezionata successivamente (per effetto del silenzio-assenso del MIMIT),

possa comunque impedire il recupero del credito già utilizzato.

La risposta è stata positiva.

Secondo quanto chiarito, se la procedura di certificazione è stata avviata prima della notifica dello schema di atto e non è stato notificato alcun PVC, la certificazione può produrre effetti vincolanti anche se si perfeziona in un momento successivo.

Il riferimento è al DPCM 15 settembre 2023, che disciplina il procedimento: se entro 90 giorni dalla presentazione della richiesta il MIMIT non formula rilievi, la certificazione si considera perfezionata per silenzio-assenso e diventa vincolante per l’Amministrazione finanziaria, limitatamente alla qualificazione delle attività.

Un esempio pratico

Per comprendere meglio il meccanismo, immaginiamo questo scenario:

• 9 gennaio 2026: l’Agenzia delle Entrate chiede documentazione su un credito R&S già compensato.

• 4 febbraio 2026: l’impresa avvia la procedura di certificazione.

• 12 marzo 2026: viene notificato lo schema di atto.

• 5 maggio 2026: in assenza di rilievi del MIMIT, la certificazione si perfeziona per silenzio-assenso.

In questo caso, la certificazione produce i suoi effetti vincolanti, perché la procedura era stata avviata prima della notifica dello schema di atto e non risultava alcun PVC.

 

Il chiarimento è particolarmente rilevante per le imprese coinvolte in verifiche sui crediti R&S.

Viene infatti confermato che:

• l’avvio del contraddittorio preventivo non blocca automaticamente la certificazione;

• lo schema di atto non equivale a un atto impositivo definitivo;

• la certificazione, se correttamente avviata nei tempi previsti, può ancora produrre effetti vincolanti.

Si tratta di un passaggio importante che rafforza la tutela delle imprese e offre uno strumento difensivo concreto in presenza di controlli.